1、制定主体不同：HS为世界海关协调编码，海关编码为各国海关；

2、位数不同：HS为6位，海关编码则各异，我国已建立10位码体系；

3、使用范围不同：HS编码是指导性、协调性的、海关编码为实际进出口操作用的，但各国海关又以HS为基础（各国海关的前6位编码与HS编码基本一致）。所以在绝大所数的情况，可将两者等同称呼。